La electroforesis es una técnica de laboratorio muy común utilizada para identificar, cuantificar y purificar fragmentos de ácidos nucleicos. Las muestras son cargadas en los pocillos de gel de agarras o acrilamida y sometidas a un campo eléctrico, de forma que los ácidos nucleicos cargados negativamente se moverán hacia el electrodo positivo. Los fragmentos de AN más cortos viajarán a través del gel más rápidamente, mientras que los fragmentos mayores lo harán más lentamente, resultando en una separación basada en el tamaño.